건강보험의 관리운영은 보험자가 하나로 단일화되어 있는 통합방식이 있고, 여러 개의 건강보험조합으로 분립된 조합방식이 있다. 우리나라 건강보험의 관리운영은 1977년 건강보험을 처음 시작할 때 조합방식을 채택하여 직장조합 1쓸개와 지역조합 227개의 많은 의료보험조합으로 분리되었다가 1999년 건강보험의 완전통합을 골자로 한 국민건강보험법이 국회를 통과함에 따라 조합방식에서 통합방식으로 전환되었다. 조합방식과 통합방식의 관리운영에 대해서는 오랜 기간 논쟁이 있었는데, 1980년대 초부터 시작된이 논쟁은 건강보험통합논쟁이라고도 불리운다.
당시 조합방식을 주장한 사람들은 건강보험조합을 통합하면 재정적자 등의 문제가 정부의 책임으로 전가되고, 소득파악률이 낮은 자영업자와 소득이 노출되어 있는 봉급생활자를 하나로 통합하여 운영하게 되면 봉급생활자들이 손해를 보게 된다고 주장하였다. 그리고 소득재분배는 조세정책을 통해 이루어지는 것이지 사회보험으로 이를 수 있는 것은 아니라고 주장하였다.
반면 통합론자들은 관리운영과 재정을 하나로 통합하는 것이 사회보장의 기본이념인 소득의 재분배와 위험의 분산을 확대할 수 있고, 많은 수의 조합방식은 관리운영비의 불필요한 지출을 가져온다고 하면서 통합방식으로 전환하기를 주장하였다.
이러한 논쟁 과정에서 조합 간의 재정불균형은 심화되고, 그 결과 의료급여 수준은 하향 평준화되면서, 전 국민에게 적용되는 과정에서 계층 간, 지역 간 부담의 형평성도 결여되었다. 또한 사업장 중심의 다수 직장조합과 시 ․ 군 ․ 구 단위별 지역조합으로 분립하여 운영되면서 다수 조합운영의 관리체계가 비효율적이 되고, 낮은 보험료 부담으로 낮은 의료급여를 받게 되며, 보험수가 구조도 행위별 수가제이기 때문에 의료공급체계 또한 비효율적인 문제를 안고 있었다. 이러한 구조적인 문제해결을 위한 대안으로 조합방식에서 통합방식으로 의료운영관리체계를 전환하자는 주장이 적극 제기되었다.
그 결과 1997년 11월 공무원 및 사립학교 교직원 의료보험 관리공단과 지역 건강보험을 통합하는 것을 골자로 하는 국민건강보험법이 국회를 통과했고, 이는 1차 통합법이다. 이후 1차 통합법에 따라 1998년 3월부터 통합작업을 실무적으로 추진할 건강보험통합추진기획단이 조직되었고, 1999년 1월 직장 건강보험까지 통합한 국민건강보험법이 제정되기에 이르렀다(2차 통합법).
이처럼 우리나라 국민건강보험의 관리운영은 초기의 조합방식에서 1990년대 말부터 부분적인 통합방식을 거치다가 결국 2000년도에 완전통합방식으로 전환되었다.
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