정부는 과학기술계 출연연 개편을 지난 4년간 지속적으로 논의해왔다. 출연연 선진화 방안으로 산업기술연구회는 지난 2009년 글로벌 컨설팅 회사인 아더 D. 리틀에 ‘출연연 거버넌스 개편’에 대한 정책연구를 의뢰했다. 예정대로라면 2009년 8월 정책연구를 통해 출연연 거버넌스 방향을 정립하고, 연말까지 거버넌스 개편에 따른 조직·인사 등 실행로드맵을 마련할 계획이었다. 그러나 이 방안은 실현되지 않았다. 정부출연연구원들의 반발이 크게 일었기 때문이다. 이 같은 논란 속에 산업기술연구회가 컨설팅비를 다른 목적으로 사용했다는 의혹까지 사며 급기야 산업기술연구회 이사장이 물러나는 사태까지 초래했다. 이에 정부는 지난 2009년 11월 25일 과학기술출연연 발전 민간위원회를 출범시켰다. 형태는 산업기술연구회와 기초기술연구회의 공동 자문기구였지만, 출연연의 밑바닥 정서를 잡아 제대로된 출연연 거버넌스 개편 작업을 추진할 것이라는 것에 일말 연구기관의 기대감이 컸다. 출연연발전민간위는 실제 총 40회의 정기위원회 및 소위원회 개최를 통해 출연연 현황과 외국 사례를 심층 파악했다. 또 100여 회가 넘는 공식, 비공식 간담회를 통해 과학기술계 원로 및 과학기술단체, 대학, 산업계, 시민단체, 관련부처, 출연연, 출연연노조 등 총 300여 명을 면담했다. 특히 민간위의 위원장을 윤종용 삼성전자 상임고문이 맡게 되면서 막강한 힘이 실렸다. 이 민간위 보고서에 따르면 국가연구개발위원회를 신설하거나 당시 국가과학기술위원회를강화하는 2개의 시나리오를 골자로 하고 있다. 출연연 또한 법인을 해체, 단일법인으로 통폐합하는 방안이 포함됐다. 이 시나리오가 재정부, 교과부, 지경부를 거치며 절충돼 국가과학기술위원회가 탄생하고, 현재의 출연연 강소 연구소 개편까지 이르게 됐다.
<출연연 개편 추진 일지> 2009.4 아더.D 리틀에 출연연 개편 방안에 관한 용역 발주 2009.11 과학기술출연연 발전 민간위원회 출범 2010.7 민간위원회 해체 2010.7~9 과학기술계 현장 의견수렴 2010.9 당정협의 2010.10 국과위 개편안 국과위 보고 2010.11 법개정 추진 및 법률안 확정(차관 및 국무회의) 2011.3.27. 새로운 형태의 국과위 출범
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