1) 제한효소 EcoRI , BamHI이용하여 genomic DNA 절단시
5`-overhang cohesive (sticky) end - ex) EcoR I
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2) Labeling된 probe를 넣어준후 hybriding시키면 이것이 membrane상에서 상보적인 서열을 갖는 특정 DNA과 혼성화하게 되고 다양한 방법(x-flim or autoradiography)으로 DNA를 확인 할 수 있다.
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- 실험과정의 유의점
1kb 이하의 작은 크기의 DNA는 0.7% 의 gel로부터 약 1시간 이내에 쉽게 이동되나 더 큰 크기의 DNA의 이동은 속도가 늦고 그 효율도 떨어지게 된다.
해결법 : DNA를 이동시키기 전에 부분적으로 가수분해 시킨다. 즉 DNA를 약산에 노출시키게 되면 부분적으로 depurination 현상이 일어나게 되며 다시 염기에 노출시키면 변성된 곳의 phosphodiester bond의 DNA골격이 가수분해 ~~~
참고)시나리오 :
오늘 실험하게 될 Restriction Enzyme 을 이용한 Genomic DNA 의 digestion 과정과 Southern blotting 과정의 결과 예측 그리고 실험과정에 있어서 발생할 수 있는 문제점 및 해결방법에 대하여 말씀을 드리도록 하겠습니다.
우선 첫번째로 우리가 사용하게 될 제한효소는 EcoRI 과 BamHI입니다. 따라서 이러한 제한효소 처리를 해주고 나면 아래와 같은 부분에서 DNA가 절단이 이루어 질 것입니다. . 두번째 결과 예측으로는 Labeling된 probe를 넣어준후 hybriding시키면 이것이 membrane상에서 상보적인 서열을 갖는 특정 DNA과 혼성화하게 되고 다양한 방법(x-flim or autoradiography)으로 DNA를 확인 할 수 있습니다. 이와는 다르게 southern blotting후에 여러 개의 밴드가 나왔다면 다수 유전자를 예측하거나 혹은 제한효소에 의해 한 유전자가 존재한다고 예측할 수 있습니다.
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