하급법원이 상급법원과 상반된 판결을 한 사례를 찾기는 쉽지 않다. 일반 민형사 소송에서는 전례가 없다. 그런데도 유독 특허분쟁에서 이런 일이 종종 발생하는 것은 무엇 때문일까. 전문가들은 동일한 사건에 특허법원과 일반법원의 판결이 엇갈린 것을 놓고 산업재산권 관련 분쟁을 다루는 사법기관이 크게 두 가지로 구분돼 있는 시스템을 지적한다. 이원화된 사법시스템으로 인해 효율성이 떨어질 뿐 아니라 신속한 결정이 늦어진다는 것이다. 이에 따라 변리사와 일부 변호사 등 법률 전문가들은 특허사법 시스템의 일원화, 이른바 ‘관할통일’이 필요하다고 강조한다. 우리나라 산업재산권 관련 사법시스템은 크게 △A라인(특허심판원-특허법원-대법원) △B라인(지방법원-고등법원-대법원)으로 구분된다. A라인은 특허권리 분쟁 발생 시 유·무효를 심판한다. B라인은 특허침해 여부를 판단하고, 그 침해의 정도에 손해액을 산정하고 그 손해에 대한 배상의 문제를 법적으로 결정한다. 일반적으로 특허침해 소송을 제기하면 상대방 회사는 무효청구 소송으로 응전을 한다. 문제는 특허무효 소송과 특허침해 소송의 관할이 각각 특허법원과 일반법원으로 분리돼 있는 것이다. 침해소송은 대개 특허무효소송 또는 권리범위확인 소송의 절차와 중복돼 진행된다. 하지만 B라인은 전문적인 지식이 필요한 사건 발생 시, A라인의 결정이 난 이후 이를 재판에 상당히 참고하는 게 일반적이다. 문제는 현재와 같은 사법시스템은 중소기업에는 매우 큰 비용부담으로 작용한는 것이다. 일반적으로 특허사건은 무효심판청구 소송과 별개로 민·형사 사건이 동시에 진행되기 때문이다. 익명을 요구한 한 변리사는 “두 라인이 하나로 일원화, 소송이 진행돼야 시간과 비용이 줄어들고, 분쟁중인 기업의 부담을 낮춰줄 수 있을 것”이라고 강조했다.
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