지주회사의 설립방법은 분사화방식과 공개매수방식의 두 가지가 있다. 분사화방식은 기존의 사업회사가 지주회사가 되고, 자회사를 설립하여 자회사에 기존 사업부문을 현물출자하여 분사화하는 방법이며, 공개매수방식은 순수지주회사가 될 회사를 설립하고 이 회사가 기존의 사업회사의 주주를 상대로 공개매수하여 자회사로 만드는 방법이다.
지주회사의 설립에 따른 과세문제는 자회사의 설립에 관련된 과세문제와 공개매수에 관련된 과세문제로 분류할 수 있다.
ƒ) 자회사 설립에 관련된 과세문제
(1) 지주회사에 대한 과세
① 법인세
내국법인이 1999년 12월 31일 이전에 법인이 사업에 직접 사용하던 자산 및 주식을 현물출자하여 자회사를 설립하는 경우에는 그 출자로 인하여 취득한 자회사의 주식가액중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있다(조세특례제한법 제38조).
② 특별부가세
지주회사의 현물출자재산중 부동산 등의 양도차익에 대한 특별부가세는 이월과세를 적용받을 수 잇다. 자회사가 현물출자받은 자산을 처분하는 시점에서 양도가액에서 지주회사의 당초 취득가액을 차감하여 계산한 양도차익에 상당하는 특별부가세를 자회사에 과세한다(조세특례제한법 제38조).
③부가가치세
양도자산중 토지를 제외한 자산에 대하여는 원칙적으로 공급가액의 10%에 해당하는 부가가치세가 과세된다. 그러나 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리를 포괄적으로 승계시키는 영업의 양도에 대해서는 이를 재화의 공급으로 보지 아니하여 부가가치세를 부과하지 않는다(부가가치세법 제6조).
④ 저가 양도시 과세
양도가액이 시가보다 낮은 경우 만일 양수법인이 양도법인과 특수한 관계에 있으면 법인세법 제52조의 규정에 의한 부당행위부인이 적용되어 시가와 양도가액과의 차액이 익금산입되어 법인세가 과...
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